Pada tahun 1983 Dinas Perikanan Provinsi Kalimantan Selatan masih dalam berbentuk resort yang di gabungkan dengan Rupat karena Provinsi Kalimantan Selatan saat itu masih berada di bawah naungan Pemerintah Kabupaten Bengkalis dan Provinsi Kalimantan Selatan masih di sebut kota administratif, setelah itu pada tahun 1999 Provinsi Kalimantan Selatan menjadi kota madya berdasarkan UU No.16 Tahun 1999 tanggal 20 April 1999 (Lembaran Negara Tahun 1999 Nomor 50, tambahan Lembaran Negara Nomor 3829), Kalimantan Selatan berubah status menjadi Kotamadya sehingga menjadi Kotamadya Dati. II Kalimantan Selatan. Seiring perkembangan politik di Indonesia, berdasar UU No. 22 Tahun 1999 maka Kotamadya Kalimantan Selatan berubah menjadi Provinsi Kalimantan Selatan.

Kepala Dinas Perikanan Provinsi Kalimantan Selatan pertama adalah Ir. Ramli Muhammad Ali, dan berkantor Di Jalan Cendrawasih di Sekolah Perikanan yang sekarang menjadi SMK Perikanan Provinsi Riau. Kemudian pada tanggal 4 Oktober 1999 Dinas Perikanan berpindah ke Jalan Sukajadi karena sudah adanya Rencana Kegiatan dan Anggaran (RKA) sendiri, dimasa Pemerintahan Provinsi Kalimantan Selatan dipimpin oleh Drs. H. Zainuddin Abdullah. Pada tahun 2002 Dinas Perikanan Provinsi Kalimantan Selatan berpindah ke Purnama, Provinsi Kalimantan Selatan Barat di Jalan Dermaga bekas Kantor Tranmigrasi Kota dengan kepala dinasnya bernama Ramli Amir, SH. (sumber : Syarifuddin dan Jafri,SST. PNS Dinas Perikanan Provinsi Kalimantan Selatan)

Seiring berjalannya waktu dan berdasarkan Peraturan Daerah Provinsi Kalimantan Selatan Nomor 14 Tahun 2005 Tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Peternakan, Perikanan dan Kelautan Provinsi Kalimantan Selatan, Peraturan Walikota Nomor 16 Tahun 2008 tanggal 11 September 2008 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Daerah, Dinas Perikanan Provinsi Kalimantan Selatan bernama Dinas Peternakan, Perikanan dan Kelautan Provinsi Kalimantan Selatan dan berganti menjadi Dinas Perikanan Provinsi Kalimantan Selatan berdasarkan Peraturan Daerah Provinsi Kalimantan Selatan Nomor 12 Tahun 2016 Tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Provinsi Kalimantan Selatan dan Susunan Perangkat Daerah Provinsi Kalimantan Selatan dan Peraturan Walikota Nomor 64 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi Serta Tata Kerja Dinas Perikanan Provinsi Kalimantan Selatan.